La Pousada do Crato tiene 24 habitaciones:
- 16 habitaciones estándar
- 5 habitaciones superiores
- 3 suites
Las habitaciones estándar, situadas en la parte nueva, tienen balcón con vistas al campo. En la parte antigua, las habitaciones estándar son más pequeñas y pueden interiores.
Las habitaciones superiores de la Pousada Flor da Rosa se encuentran en el ala antigua.
Las suites están en la torre del monasterio y tienen balcón: 2 con vistas al jardín y a la piscina.